z-indexを変えても、常にトップレイヤになります。

NN4の場合
"document.レイヤ名.document.embeds[Flashオブジェクト名]"となります。
今までなら、document[Flashオブジェクト名]でアクセスできたのが、
どうもできないようです。

IE4の場合
"window.Flashオブジェクト名"で
今までと変わらないです。

NNが仕様が変わってしまうので
NN,IEでも簡単にアクセスできる関数を用意します。

function whichLayerObj(layer,objName)
{
	if (navigator.appName=="Netscape")
		return layer.document.embeds[objName];
	else
		return window[objName];
}

<a href="#" onclick='whichObj(document.flashlayer,"flasher").Play();'
language="JavaScript">再生</a>

<div id="flashlayer" style="position: absolute; left: 290; top: 130; width:440; height:220;">
<OBJECT classid="clsid:D27CDB6E-AE6D-11cf-96B8-444553540000"
  codebase="http://active.macromedia.com.flash2/cabs/swflash.cab"
  width=440 height=220 id="flasher">
<PARAM NAME="Movie" VALUE="flasher.swf">
<PARAM NAME="Play" VALUE="false">
<EMBED src="flasher.swf" width=440 height=220 play="false"
pluginspage="http://www.macromedia.com/shockwave/download/"
type="application/x-shockwave-flash" name="flasher"></embed>
<NOEMBED>
</NOEMBED>
</OBJECT>
</div>